もう少し正確に整理した情報を提供してみましょう。
文章から察するに
1.元々ドキュメントルートにwordpressがインストールされていた。
2.違うフォルダにもwordpressをインストールした。
3.ドキュメントルートのindex.phpを修正した。
だと思いますが、これを前提として考えうることは
2に関して、
・インストールはデータベースを新規に作成したのか?
元からあるドキュメントルートのwordpressと同じデータベースを接頭語の変更なしにインストールしているとすれば不具合が出る可能性があります。
3に関して、
・index.phpは新規にインストールしたフォルダからコピーしたか?
・htaccessはコピーして修正したか?
の確認は最低でも必要でしょう。
いずれにしてもサーバーの情報も提示していない、テーマの変更やプラグインの停止などは行ったのかどうなのかなども分からないので、これ以上の「予測回答」は難しいですね;)
突然、404エラーになってしまいました
ここが気になります。
この問題を解決せずに再インストールを行っても再現する可能性はゼロではありません。
まず、aaaディレクトリでは表示できてルートでは表示できないわけですから、ルートディレクトリに問題が発生したと考えられます。
ルートディレクトリにあるindex.phpと、もしあるならばhtaccessの確認をしましょう。
確認をするときは文字コードなどにも注意する必要があります。
それからwordpressの一般設定も確認しましょう。ブログのURLがルートのアドレスになっている必要があります。例えば
WordPress のアドレス (URL):http://exeample.com/aaa
ブログのアドレス (URL):http://exeample.com
このようになっていなければルートでaaaのwordpressを動かすことはできません。
どうしてもbbbで動かしたいのであれば上記設定をそのままbbbに置き換えてください。
いづれにしても404になった原因を突き止めることが問題の解決に繋がるでしょう;)