2.7.1 → 2.8 自動アップグレードでサーバーの WordPress 以外のファイルが削除される現象が報告されています。
原因が解明されるまでは手動によるアップグレードをお薦めします。
WordPress 2.8 日本語版のダウンロード
以下参考:
日本語フォーラム
http://ja.forums.wordpress.org/topic/1934
本家フォーラム
http://wordpress.org/support/topic/279130
http://wordpress.org/support/topic/278966
http://wordpress.org/support/topic/279104
6/15 追記:
2.8 にバグがあることが判明しました。いずれの過去バージョンからも 2.8 への自動アップグレードを行わないようにしてください。
7/13 追記:
2.8.1 ではこの問題は修正されています。
